Génomique Brune : une nouvelle donne !

Depuis août 2011, la race Brune dispose d’une indexation génomique internationale grâce au projet Intergenomics qui rassemble tous les pays qui sélectionnent la race : Allemagne, Autriche, Italie, Suisse, Slovénie, Etat-Unis, Canada et France. L’indexation génomique Brune va connaitre des améliorations significatives en France lors de la prochaine indexation le 14 août 2014.


Nouvel accord Intergenomics : partage des génotypages des jeunes taureaux

Tout d’abord, le projet Intergenomics franchit un nouveau pas important en 2014. Les pays partenaires partageaient jusque-là uniquement les génotypages des taureaux testés sur descendance. Le but était d’obtenir la population de référence la plus large possible. Au traitement d’avril dernier cela représentait environ 5700 taureaux.

Avec le nouvel accord signé le 16 avril dernier*, les partenaires d’Intergenomics vont aussi partager les génotypages de tous les jeunes taureaux ! Les pays (Allemagne, Autriche, Suisse, Etats-Unis, Canada) qui réalisent eux-mêmes une indexation génomique à partir de la population de référence Intergenomics vont pouvoir désormais calculer les index génomiques de tous les jeunes mâles étrangers qui sont génotypés dans le monde entier, avec exactement la même méthode et les mêmes échelles d’index que leurs taureaux nationaux. Cela sera effectif dès l’indexation d’août 2014.

Cet accord fut possible grâce aux relations de confiance établies entre les pays partenaires. Il va nettement améliorer la transparence et la précision des index des jeunes mâles, quel que soit leur pays d’origine. C’est une grande avancée pour l’intérêt de la race et un progrès génétique toujours plus fort !

La France se dote d’une indexation génomique Brune nationale

Depuis 2011, la France utilise des index génomiques calculés par Interbull dans le cadre du projet Intergenomics. L’équipe d’indexation française (Unité de travail INRA-UNCEIA-Idele) jouait le rôle d’interface entre BGS et Interbull mais ne réalisait pas d’indexation génomique Brune « à la maison ».

Cela va changer en 2014 : après une période de recherche et de tests initiée en 2013, l’équipe française a pu bâtir une indexation génomique pour la race Brune. Elle utilise bien sûr la population de référence Intergenomics (5700 taureaux) mais en y appliquant la méthode française déjà employée dans les 3 races principales (Prim’Holstein, Montbéliarde, Normande). Cette méthode s’appuie sur la détection d’un grand nombre de QTL** pour chaque caractère (lait, taux, cellules, taille, ligament, ...). Elle a déjà montré son efficacité et est reconnue pour mieux éviter la surestimation des « jeunes » taureaux par rapport aux « vieux ».

Un impact sur le classement des jeunes taureaux en août

Lors de la prochaine indexation le 14 août 2014, les jeunes taureaux Bruns vont voir leurs index génomiques bouger davantage que d’habitude : ces changements de valeur seront principalement liés au passage d’un index calculé par Interbull à un index calculé par l’équipe française avec une autre méthode statistique (le Blup-QTL).

D’après les premières estimations, 75% des taureaux vont varier de -10 à +10 pts d’ISU au maximum, la plupart restant dans la fourchette de -5/+5 en ISU. Mais certains pourront gagner ou perdre davantage de points d’ISU. Pour illustrer ce reclassement, parmi le top 20 actuel en ISU, 12 taureaux seront toujours dans les 20 meilleurs avec la nouvelle indexation, 15 restent dans les 30 meilleurs.

De plus, les index des jeunes mâles vont avoir tendance à se tasser un peu. Il y aura moins de taureaux entre 180 et 200 pts d’ISU comme c’est le cas dans l’indexation réalisée à Interbull actuellement.

Des index génomiques officiels pour les femelles aussi !

L’autre grand changement pour la Brune sera la première officialisation des index génomiques femelles ! Ce service qui était très attendu voit enfin le jour. Toutes les femelles déjà génotypées par le passé vont automatiquement avoir un index génomique officiel, calculé avec la nouvelle méthode. Dans un avenir très proche, tout éleveur pourra génotyper toutes les femelles de son choix, pas seulement celles retenues par le schéma, et recevoir leurs résultats.

Durant l’automne 2014, d’autres services viendront s’ajouter à l’indexation génomique française de la race Brune : les index génomiques hebdomadaires (IPVGeno) pour trier les mâles en ferme seront opérationnels, puis l’imputation. A ce moment, il deviendra possible de génotyper les femelles Brunes avec la puce LD moins onéreuse que la puce 50K, et qui fournit en plus des informations sur les gènes d’intérêt (Kappa Caséine, sans corne, gènes récessifs BH2, etc.).

En résumé, en 2014 la Brune va se mettre au diapason des 3 races principales et bénéficier de la même qualité de services génomiques pour tous ses éleveurs français !






* signature de l’accord Intergenomics lors du Comité Européen de la race Brune réunit à Mende le 16 avril 2014.
** QTL : Quantitative Trait Locus.