Une nouvelle indexation qui gagne en fiabilité

Communiqué de presse réalisé par INRA, IDELE et ALLICE

Un nouveau cap est franchi en sélection génomique des bovins laitiers pour des index plus fiables et plus précis

Une nouvelle méthodologie de calcul des index génomiques pour les races laitières est adoptée à compter d’avril 2015. L’utilisation d’un nouveau modèle d’indexation combiné à l’augmentation des populations de référence en races Holstein, Normande, Montbéliarde et Brune ainsi que la prise en compte des performances individuelles des femelles permettront d’avoir des index plus fiables et plus précis. 

Les indexeurs de l’UMT3G (unité mixte de technologie regroupant Allice, l’Inra et l’Institut de l’Elevage sur les travaux relatifs à la gestion génétique et génomique des populations bovines), les entreprises de sélection et les organismes de sélection des races laitières bénéficiant de la génomique, adoptent une nouvelle méthodologie de calcul des index basée sur une combinaison de la méthode française et de celle majoritairement en cours dans les autres pays utilisant la sélection génomique (Allemagne, Pays-Bas, Canada, USA…). 

Point essentiel pour la qualité des index génomiques, la population de référence, c'est-à-dire l’ensemble des animaux à la fois génotypés et avec performances qui servent à établir les équations génomiques, s’accroît fortement dans toutes les races. Elle inclut en effet maintenant en Normande et Montbéliarde toutes les femelles génotypées et disposant de performances. En Holstein et en Brune, l’accroissement de la population de référence est assuré par un apport massif et continu de taureaux étrangers (taureaux du consortium EuroGenomics en race Holstein et du programme Intergenomics en race Brune). Ceci permet une meilleure détection des QTL (Quantitative trait locus, région du génome ayant un effet sur un caractère) : alors qu’on en utilisait 500 avec la méthode précédente, il y en aura désormais 3000 dans les nouveaux calculs.

Enfin, les résultats d’indexation des femelles évolueront désormais tout au long de leur carrière. Les performances des vaches (lactations,  pointages) viendront modifier les index de celles-ci, apportant une information toujours plus proche des qualités réelles de l’animal. Ce nouveau mode de calcul, qui prend en compte plus d’informations, permet une hausse du coefficient de détermination (CD) significative et évolutive avec l’âge des animaux.

L’éleveur pourra donc prendre des décisions plus pertinentes pour la conduite du troupeau et la gestion de son renouvellement (femelles à vendre ou à conserver, accouplements, croisement…).

«Ceci est l’aboutissement de fortes améliorations techniques et d’une maîtrise sans cesse accrue des chaînes d’indexation génomique par les chercheurs de l’UMT3G » explique Didier Boichard, responsable des évaluations génétiques à l’INRA. « Bien entendu comme à chaque étape majeure, il y aura des variations. Mais globalement les bons reproducteurs resteront parmi les bons», précise Sophie Mattalia, animatrice de l’UMT3G et responsable de la diffusion des index à l’Institut de l’élevage. « L’objectif de ces évolutions est d’augmenter la précision et la fiabilité des index, au bénéfice des éleveurs et nous continuons à travailler dans ce sens, explique Sébastien Fritz, ingénieur en génomique chez Allice. La prochaine étape sera de pouvoir utiliser directement, grâce aux mutations causales, les gènes impliqués dans l’expression de tel ou tel caractère ».

Encore bien des évolutions et des progrès en perspective…